Skip to Main Content
Table 1

List of 16S rRNA-targeted oligonucleotide gene probes used for qFISH

ProbeSpecificitySequence (5′-3′)Formamide [%]DyeReferences
EUB 338 Most of domain bacteria GCT GCC TCC CGT AGG AGT 0–55 FITC Zarda et al. (1991)  
Amx 820 AMX: Candidatus Brocadia anammoxidans and Candidatus Kuenenia stuttgartiensis AAA ACC CCT CTA CTT AGT GCC C 40 Cy3 Kartal et al. (2006)  
Sca 1309 AMX: Candidatus Scalindua sp. TGG AGG CGA ATT TCA GCC TCC Cy3 Schmid et al. (2003)  
NIT 3 NOB: Nitrobacter sp. CCT GTG CTC CAT GCT CCG 40 Cy3 Mobarry et al. (1997)  
Ntspa 662 NOB: Nitrospira sp. GGA ATT CCG CTC TCC TCT 35 Cy3 Daims et al. (2000)  
Nso 190 AOB: Betaproteobacterial ammonia-oxidizing bacteria CGA TCC CCT GCT TTT CTC C 55 Cy3 Mobarry et al. (1997)  
ProbeSpecificitySequence (5′-3′)Formamide [%]DyeReferences
EUB 338 Most of domain bacteria GCT GCC TCC CGT AGG AGT 0–55 FITC Zarda et al. (1991)  
Amx 820 AMX: Candidatus Brocadia anammoxidans and Candidatus Kuenenia stuttgartiensis AAA ACC CCT CTA CTT AGT GCC C 40 Cy3 Kartal et al. (2006)  
Sca 1309 AMX: Candidatus Scalindua sp. TGG AGG CGA ATT TCA GCC TCC Cy3 Schmid et al. (2003)  
NIT 3 NOB: Nitrobacter sp. CCT GTG CTC CAT GCT CCG 40 Cy3 Mobarry et al. (1997)  
Ntspa 662 NOB: Nitrospira sp. GGA ATT CCG CTC TCC TCT 35 Cy3 Daims et al. (2000)  
Nso 190 AOB: Betaproteobacterial ammonia-oxidizing bacteria CGA TCC CCT GCT TTT CTC C 55 Cy3 Mobarry et al. (1997)  
Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal